盐都区是由历史上的盐城县演变而来，盐城县具有悠久的历史。在商周时期，区境为“淮夷地”。春秋时属吴，后属越，战国时期属楚。汉武帝元狩四年（公元前119年）始设盐渎县；东晋安帝义熙七年（公元411年）改盐渎县为盐城县；北齐于此设射阳郡，陈时改为盐城郡，隋末，韦彻起义据此置射洲。明、清时期，盐城县属淮安府，辛亥革命后直属江苏省。

　　古时的盐城县，幅员辽阔，东至大海，南界海陵（今东台、海安）县，西界安宜（今宝应）县，西、北界山阳（今淮安、阜宁）县。1933年，江苏省于盐城设行政督察区，后改为盐城区，此时县域面积有3650余平方千米。1936年又改为第六督察区，盐城县先后隶属之。1940年10月，盐城县成立抗日民主政府，为便于对敌斗争，1941年9月，将盐城县析为盐城、建阳（今建湖）、盐东三县。盐城县面积缩减为1320平方千米。 1946年4月，为纪念“四.八”烈士、新四军军长叶挺，将盐城县改名叶挺县，1949年4月复名盐城县。自1940年10月后，盐城县先后隶属盐阜区、盐阜分区、苏皖边区第五行政区、苏北盐城行政区、苏北盐城专区、江苏省盐城专区、江苏省盐城地区。

　　1983年实行市管县新体制，盐城县撤销，盐城镇成立盐城市城区，其余乡镇为盐城市郊区。

　　1996年9月，撤销盐城市郊区，设立盐都县。冠名盐都，取音与汉代古县“盐渎”同拼音字母；取义，都即城之首也。

　　2004年3月撤销盐都县，设立盐都区，隶属盐城市，区域面积1044.6平方公里。