区域地形东西宽，南北窄，呈不规则的长条形。全区地势平坦，河网密布。由于河流、海洋堆积程度的差异及人类开挖河道、兴修水利、改良土壤等经济活动影响程度的不同，地面呈现出一些低冈和洼地，形成局部微小的起伏。境内略呈东高西低，地面高程一般在1.5米－2.2米之间。串场河沿岸是全区最高处，地面高程2.5米左右；朱沥沟、仇垛河、直挺河以东为次高地，地面高程在2米左右；西部湖荡地区是全区最低点，地面高程在1.5米左右。区境属里下河平原地貌单元。平原上还分布有残存的古沙堤，俗称“沙冈”。

　　境内土壤分为水稻土、沼泽土两大类，其中水稻土分布面积最广，占耕地面积90％以上。由于长期开发，土壤得到改造，有利于种植业、养殖业的发展。现今境内已发现的矿产资源主要有黄沙、砖瓦粘土、高硅土等，其中高硅土分布在郭猛镇境内，可作保温制品原料。

　　境内河网纵横交错，所有河流均属淮河流域、里下河水系。客水从西南入境，向东北流出。境内主要河流为蟒蛇河。边缘河流为串场河。蟒蛇河源于区境大纵湖，到九里窑与新洋港相连，干流为自然河流，支流主要有朱沥沟、东涡河、冈沟河等，流域面积约640平方千米，覆盖区境大部分区域。

　　盐都区具有明显的季风气候特点，四季分明，冬季，寒冷干燥，多偏北风；春季，冷暖干湿多变；夏季，炎热多雨，多偏南风；秋季，先湿后干，多秋高气爽。年均降雨量900—1066毫米，年平均日照时数2311.2小时，年平均太阳辐射总量120.99千卡/平方厘米，年均气温15.4°C，年均最高气温19.9°C,年均最低气温11.8°C,无霜期218天。

　　区境内有丰富的土地资源和水资源，地势平坦，土地肥沃，河湖密布，适宜农、林、牧、副、渔综合开发和全面发展。境内野生动物资源中，鱼纲类有鲤鱼、鲫鱼、乌鱼、鳊鱼等30多种；爬行纲类有龟、鳖、蛇等20多种；鸟纲类有野鸡、野鸭、鹰、雀等30多种；哺乳纲类有野兔、刺猬、鼠等10余种。野生植物资源较为丰富，有数十科几百个品种，分布在田间、河边、滩边，用于农牧渔业生产、手工业编织及治疗疾病。境内土特产品主要有大纵湖清水大闸蟹，北龙港青虾、荷藕、无铅松花皮蛋，龙冈茌梨、柳编制品，葛武嫩姜片，学富腊香鹅，秦南水牛肉，潘黄龙须粉丝，义丰茨菰，尚庄番茄等。

　　盐都交通方便，区政府所在地西面4千米有宁靖盐高速、90千米有京沪高速；南面4千米有盐徐高速公路；东面2千米有204国道、6千米有新长铁路、10千米有盐通、盐连高速公路、13千米有盐城机场、50千米有大丰港、70千米有射阳港；东侧还有国家三级航道通榆河。经高速公路驱车到达南京仅需2.5小时、上海3.5小时、北京10小时。铁路南接京沪线和宣杭线，北接陇海线，除开通货运外，还开通南通至淮安，泰州始发至青岛、哈尔滨、成都、兰州，南通至北京、太原以及扬州至四方、成都的往返客运列车。国内航线开通北京、经广州至桂林往返航班，每周各三班，国际航线开通韩国仁川机场航班。除此，境内还有盐淮、盐兴、盐金省道公路和盐邵、盐宝线和兴盐界河等级航道。镇村公路普遍实施了黑色和硬化工程，公路网四通八达。

　　盐都行政中心位于盐都经济开发区，与江苏省辖市盐城市市县同城，位于盐城市区南部，和盐城市新建的行政中心紧密相邻，浑如一体，将是盐城市新的政治文化中心。